Living with GRAPE - 【スパコン】スーパーコンピュータ関連情報【HPC】345 , , , , ,

2009-05-17-Sun [長年日記]

_ [健康で文化的な生活] 【スパコン】スーパーコンピュータ関連情報【HPC】345

おお。こんなところに。

346 ：不明なデバイスさん：2009/05/17(日) 19:48:11 ID:YCgtt9AN
http://www.cc.u-tokyo.ac.jp/publication/news/VOL11/special2/200903SP-sato.pdf 
これとか見るとスカラー型PCクラスターで十分だと思うね。 
　
それに下記の SC08 の報告を読むと、宇宙物理学の計算でも 
Oak Ridge のJaguer で1万core以上の計算できているし、 
GRAPE のお株を奪う、大規模なN体計算が GPGPU クラスタ 
の計算も行われているようだし、日本は終わっているよ。 
http://www.nsc.riken.jp/SC/SC08/SC08report_saitoh.pdf

_ 1万コア規模の計算(超新星爆発の三次元計算です)が行われていますね。日本にもそれぐらいの計算ができる計算機があるといいなぁ(1万コアのジョブが流れるというのはシステム全体では数万-10万コアぐらいあるという話です)。個人的な感覚では実機がない限りどうにもならん。FX1 でも何でもいいので最大構成1万コアぐらいのテスト開発環境を用意してくれるとうれしいのですが。いきなり10万コアでヨロとかいわれても知らんがな。

GPGPU で N 体計算は、まず私がレポートに書いた話は日本人かつ GRAPE っぽい人たちがやった仕事です。よって、残念がるよりむしろ GRAPE で演算器を極限まで利用することに血道をあげていた集団ってのが日本にあったということの勝利と思うべきじゃないだろうか。作れても使えなきゃ意味がないよね？で、結局 GPGPU での計算ってのは今のところデモンストレーション以上のケースは私は知らないです(なんかあります？少なくとも主流じゃない。そしてそれには何らかの理由があるはず。使えないとか、使いづらいとか)。GRAPE の方は順調に研究論文が出ています。この差はでかいと思います。

_ そもそも GPU は基本人間の目で見てオッケーみたな話なので高精度計算にはあんまし向いていないような(作る人が必要性を感じない限りまともなものは出てこないと想像。これから先のことは知りませんけど)。とまぁ、今の私は GPGPU には懐疑的。

_ というわけで、超新星の大きな計算はできてないわけですが、大規模なある種の計算では世界に先んじているところもあるわけだし、まぁそんなに悲観しなくても。最終的にいいたいのは、現状ソフトとサイエンスの方にもうちょっと力を入れてもいいかなとかそんなところ。それには本物の1/10でも良いので実機がほしいですねぇと。

_ 最後の方に出てくる、CosmoGrid は石山コードじゃないかな？こっちも和製だよ。

_ しかしすごいな。中かその周辺の人と思われるコメントがちらちらと踊っているぞ。

本日のツッコミ(全24件) [ツッコミを入れる]

(：3)っ⌒つ j-zoloft (2009-05-18-Mon 00:40)

重力だけでいいなら、衝突も無衝突も実用に耐えうる、GRAPEに対しても価格性能比で競争力のあるコードは存在しますよ。 自分の書いたもの以外の例が思い当たりませんが（笑）。 ただ、scienceな人からはGRAPE互換のライブラリを書いてくれと、ほとんどみんなそういうのですが、面倒で実現していません。

(：3)っ⌒つ売られた喧嘩は喜んで買うよ (2009-05-18-Mon 13:43)

ご無沙汰しております．長崎大学の濱田です．牧野さんの日記からここにたどり着きました． 最近は理研の似鳥君やCambridgeのSverre Aarseth, HeiderbergのRainer Spurzem, Peter BerczikなんかとGPUをGRAPEの代わりなるのかどうか地道に研究を重ねています．彼らの中だけで問題が解決したり，相互に理解しあえたりするので その辺の最新の状況は論文にしてないものが多いので直接我々に聞いた方が確かかと思います． さて，SC08の報告書や，ここのコメントを拝見させてもらったのですが，こちらからもコメントさせて頂いてもよろしいですか？

(：3)っ⌒つたか (2009-05-18-Mon 14:40)

お名前が「売られた喧嘩は喜んで買うよ」となっていますが、喧嘩を売る気は毛頭ございません。

(：3)っ⌒つた (2009-05-19-Tue 13:15)

GPGPU に関しては、秋葉原で買ってきたやっついやつが一ヶ月ぶんまわし続けてもとちゃんとした答えをだすのかというあたりが気になる。HPC 用のは普通に高いんですもの。

(：3)っ⌒つ hamada (2009-05-20-Wed 01:56)

なんか投稿が拒否されてしまう，，，，，，

(：3)っ⌒つ hamada (2009-05-20-Wed 02:04)

HPC用の高いGPU NVIDIA Tesla C1060アカデミックパッケージ - パソコン工房 99,800円 https://www.pc-koubou.co.jp/business/contents/special/tesla.php

(：3)っ⌒つ hamada (2009-05-20-Wed 02:05)

長崎大学の濱田です． 文字数に制限があったようです．分割して投稿しますのでお許し下さい． 秋葉原で売っているやっついGPU - 1万3千755円 http://kakaku.com/item/K0000024049/ 長崎で使っているやっついGPU ... 1万4千556円 http://kakaku.com/item/K0000024051/

(：3)っ⌒つ hamada (2009-05-20-Wed 02:07)

それで，本題ですが GRAPE-6, GRAPE-6A, GRAPE-7, GRAPE-DR, GPU(HPC用), GPU(やっついやつ) の各々のシステムについて下記の項目を比較して紙面上(PASJあたりの真っ当な論文誌もしくは査読のあるInternational Proceeding)で議論しませんか？ ・演算性能 ・購入価格 ・消費電力 ・計算間違いの回数 ・システムトラブル(落ちる，フリーズする)の回数

(：3)っ⌒つ hamada (2009-05-20-Wed 02:08)

評価のベースにするコードは，こちらのコード及びそちらのコードの両方をお互い出し合って各システム用にチューニングし直したもの． コードは無衝突系ならQuadropoleとかも入れたかったり，また衝突系用のネイバースキームなんかも実装できてますが，とりあえず，そちらが実装できているもの(かつGRAPEに実装可能なもの)にこちらもなるべく合わせます． そして，測定結果が出た時点でGPGPUに対するそちらの懐疑的な気持ち?が間違いであったと訂正されるならば，論文の第０項はそちらが書く，そうでなければ私が書くというのでどうでしょう？ (両者が結果の判断で意見が分かれるようならば，言いだしっぺの牧野さんが第０項かな？） お互いプロらしく決着は紙面上で． では前向きなお返事お待ちしています．

(：3)っ⌒つたか (2009-05-20-Wed 08:38)

えーと、「た」さんと「たか」は違っていて、私(ここの日記書いている人)は「たか」と表記しています。割合紛らわしので、一応確認のため記載しておきます。

(：3)っ⌒つま (2009-05-20-Wed 10:33)

斎藤君の日記のコメント欄でする話でもないので、私の意見のうち公開分は私のとことで書きます。濱田君もプロの研究者であると自称するならそれにふさわしい場所で自分の意見・主張を述べてください。

(：3)っ⌒つ hamada (2009-05-20-Wed 12:58)

>えーと、「た」さんと「たか」は違っていて 「か」が抜けていたのに気づきませんでした．完全に斎藤さんだと思い日記へのコメントを許可して頂けたものと勘違いしました．失礼しました． >斎藤君の日記のコメント欄でする話でもないので、私の意見のうち公開分は私のとことで書きます。 私もその通りだと思います． これ以上の議論をこの場所で行うのは適切ではありませんので，まずは牧野さん(本人かな?)の論文に期待したいと思います．それに必要な定量的なデータはできる限り提供しますのでその都度ご連絡下さい．ちなみにこちらにある機材はGRAPE-DR model 450が1ボード，GPU(G92)が256ボード, GPU(GTX295)が8ボードです．G6A, G7はありません．Tesla C1060はさきほど注文しました． よろしくお願いします．

(：3)っ⌒つたか (2009-05-21-Thu 23:04)

何でこんなことになったのか良くわかんないんだけども、濱田さんが論文を書いてどこかに受理されてから(投稿した段階でもかまいませんが)、僕に「書いたよ」って教えてくれれば良いだけなのでは？別に僕は GPU で倍精度計算は断固ダメであると信奉している訳じゃないので、結果が出れば「なるほど」ですよ。 ここは私が雑文を垂れ流す場所で、何か僕の公式な立場を表明するような場所ではありません。職場のサーバでやっているわけでもないこんな web の日記なんてそんなものでしょう。基本的に僕が誰かは解る人には解るけど解らない人にはあんまり解らないようなものですし。今回はたまたま私の書いた SC08 のレポートについて意図しない形で引用をされたので、「そうじゃないんだ」といわなきゃならないと思ったからコメントしただけです。 GPGPU については、最初の方のコメントや最初の濱田さんのコメントにあるようになかなか大変で、それなりの性能を出すのは相当の努力や能力が必要なようで、一般の研究者が使えるものになるのか(そこかしこの実アプリに応用されるようになるのか)、という素朴な疑問でした。``たとえば''倍精度で性能を出したいと思ったときにそこら辺の研究者に似鳥君のD論みたいなことをやれと要求されてもまぁ困るわけです。シミュレーションコード以外にも書かなきゃならないものは山ほどあるわけですし。さらにいえば、僕が関係している銀河形成の分野は、まぁ通常は単精度でいいわけですが、GPGPU を用いたシミュレーションで何か新しい発見につながったというケースを知りません。やはり一般の研究者が使って性能を出すというのは今のところはなかなか難しいのではないでしょうか。その原因がなんなのかはわかりませんが。 そういう(一般に)難しい(と私が考えている)ものを上手く使いこなそうと努力し、世界的な成果を出しているということでぼくは濱田さんや似鳥君の仕事は素晴らしいと思っているわけです。そういう努力をされている方々がいて、いずれ僕のような凡庸な研究者でも使えるものになるのであろうと。だから何でこんなことになっちゃったのかなぁ。 ということで、ちょっと思ったことを書き連ねたぐらいですので、目くじらを立てないでいただけると助かります。

(：3)っ⌒つ j-zoloft (2009-05-22-Fri 01:42)

消火作業乙です。 相談に乗って頂ければ、APIのデザインとか、信頼性のテストとかしますよ。 GPUでハイドロの加速もできれば競争力のあるコードになると思います。 その為には実装はこちらでやるとしてもAPIのデザインには関わって頂く必要があります。

(：3)っ⌒つた (2009-05-22-Fri 22:27)

なんかいらぬ火をつけたみたいですんませんした。

(：3)っ⌒つたか (2009-05-23-Sat 13:41)

j-zoloft さん、提案どうもです。 でもまずはせっかくのナイスなアイディアなのですから論文にするのがよいかと・・・ 僕の方では手元に大きめの GPU クラスタがないので、そちら側にリソースを裂きがたいという現状もあります。

(：3)っ⌒つたか (2009-05-23-Sat 13:43)

火事と喧嘩は江戸の華、ってやつですね。＞た

(：3)っ⌒つ j-zoloft (2009-05-24-Sun 01:43)

ハイドロで論文になるネタなんて持ってませんよ～

(：3)っ⌒つたか (2009-05-26-Tue 23:06)

いや、その、新しいことをする前に、まとめるのも一興ではないかなぁという。。。。

(：3)っ⌒つ j-zoloft (2009-05-27-Wed 02:10)

叩き台になるコードなしに、加速装置の研究は成立しませんよ。 やっても実用性のないものにしかなりません。 まぁ、最近僕も大人になったのでぶぶづけを出されたら帰るようにしてます。

(：3)っ⌒つたか (2009-05-27-Wed 10:22)

僕の意図が通じなかったようで残念です。

(：3)っ⌒つ j-zoloft (2009-05-28-Thu 00:48)

そのimplicitなとこを突っついたつもりです。 僕は空気読めませんから。

(：3)っ⌒つたか (2009-05-28-Thu 09:49)

なにいってんの？

(：3)っ⌒つたか (2009-05-28-Thu 09:50)

あ、まぁいいや、もうどうでも。

状況に応じて鍬も鋤も変えてきた なら、土地も変えるまでよ by 草薙素子

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状況に応じて鍬も鋤も変えてきた
なら、土地も変えるまでよ by 草薙素子